Pod koniec XIX w. jednym z największych na świecie miast żydowskich były Saloniki. Żydzi stanowili tam mniej więcej połowę ludności i opanowali przede wszystkim branże związane z morzem: transport towarów, przewóz pasażerów i zaopatrzenie statków, tak że tamtejszy port zamierał w sobotę, a w niedzielę tętnił życiem. Oprócz nich żyli tu także liczni Donmechowie, czyli potomkowie zwolenników fałszywego XVII-wiecznego mesjasza Sabbatai Cwi, którzy w 1670 r. przeszli równocześnie z nim na islam, ale potajemnie wyznawali religię judaistyczną. Kiedy miasto przeszło pod kontrolę grecką, władze zezwoliły na pozostanie w nim „czystym” Żydom, ale nakazały wyjazd wszystkim Donmechom wraz z tureckimi muzułmanami. Donmechowie (po turecku „zdrajcy”, co nawiązuje do przejścia zagrożonego karą śmierci na islam), w liczbie 20 tys., utrzymywali, że są „prawdziwymi” Żydami, ale na nic się to nie zdało. Po 1913 r. miasto gwałtownie zaczęło tracić swój hebrajski charakter, a koniec nastąpił nieodwołalnie po pożarze w 1917 r., masowej emigracji do Palestyny, pojawieniu się fali uchodźców prawosławnych z Anatolii po roku 1923 i hitlerowskich deportacjach do obozów koncentracyjnych.
W tym samym czasie to jest mniej więcej w okolicach pierwszej wojny światowej, upadły muzułmańskie (i mniejsze, żydowskie) enklawy na wyspach: Tazos, Samotraka, Lemnos, Lesbos oraz Chios, na której Turcy na odchodnym zniszczyli piękne łaźnie. Na Samos zachował się maleńki żydowski cmentarz z grobami dwóch braci, askena-zyjskich kupców, którzy w początkach XX w. założyli tu spółkę zajmującą się handlem winem. Ogólnie rzecz biorąc jednak nie istniała tutaj żadna większa społeczność żydowska od czasów bizantyjskich, tureccy muzułmanie zaś od XVII w. nie mogli w ogóle osiedlać się na tej wyspie.
Znaczna część greckich muzułmanów żyła od wieków w zachodniej Tracji, między rzekami Ne-stos i Ewros. Był to też ich ostatni bastion po wojnie w Azji Mniejszej w latach 1919-1922. Traktat w Lozannie (1923 r.) potwierdzał prawa tej mniejszości do pozostania na miejscu, w zamian za to Grecy mogli utrzymać prawosławne świątynie w Stambule (dla Greków nadal zwanym Konstandinoupoli), Wyspach Książęcych i wyspach Tenedos oraz Imvros.
Przez lata Turcy wielokrotnie naruszali postanowienia traktatu i doprowadzili do zmniejszenia liczby prawosławnych Greków w Turcji do zaledwie 3% stanu sprzed roku 1923. Rząd w Atenach postępował zdecydowanie bardziej liberalnie, tak że obecnie muzułmanie stanowią jedną trzecią ludności greckiej Tracji, zamieszkując głównie w takich miastach, jak: Aleksandrfipolis, Komotinf i Ksónthi. Muzułmanie zajmują się tu przede wszystkim uprawą tytoniu.
Swą lojalność wobec państwa greckiego traccy „Turcy” udowodnili podczas drugiej wojny światowej, kiedy ramię w ramię z chrześcijanami stanęli w obronie ojczyzny przed atakującymi Bułgarami, Włochami i Niemcami. Za tę postawę okupanci wysłali wielu muzułmanów do obozów koncentracyjnych. Ponowne prześladowania nastąpiły w czasie wojny domowej (1946-1949). Armia 11 AS, której nie podobał się głęboki konserwatyzm wieśniaków, uznała, że wszyscy muzułmanie są niejako z definicji zdrajcami.
Z Bułgarami do pewnego stopnia kolaborowali (zapewne z powodu etnicznego pokrewieństwa) Pomacy, czyli około 40 tys. muzułmanów pochodzenia słowiańskiego, zamieszkujących re-|on wokół wzgórz Rodop, na północ od Ksanthi.
Przypuszczalnie byli to kiedyś słowiańscy chrześcijanie, którzy w XVI w. zostali zmuszeni do przejścia na islam. Posługują się oni dialektem przypominającym język bułgarski z silnymi naleciałościami greckiego i tureckiego. Pomacy traktowani są przez władze greckie z dużą podejrzliwością-aby wyjechać z rejonu Echinos, potrzebują specjalnej przepustki. Identyczne zezwolenie muszą też mieć osoby z zewnątrz, które chciałyby odwiedzić ich wioski. A są one warte odwiedzenia, choćby z uwagi na scenerię. W dolinach, pośród porośniętych sosnowym lasem wzgórz niewiele jest ziemi nadającej się pod uprawę co zostało, przeznaczono na poletka tytoniu. Poza Tracją Pomaków można spotkać w rejonie kopalń w Viotn (na stałym lądzie, naprzeciwko Eubei), gdzie bardzo przydatne się ich górnicze umiejętności. Także za ich spraw.) wznowił działalność meczet w pobliskiej Chalkis.
Do niedawna społeczność prawosławna i turecka w Tracji żyły w miarę zgodnie. Na początku 1990 r. doszło do całej serii incydentów na tle religijnym i etnicznym, i kiedy postawiono przed sądem tureckich przywódców politycznych, starannie pielęgnowany na użytek całego świata wizerunek Grecji jako kraju bardzo tolerancyjnego wobec mniejszości narodowych okazał się nagle fikcją. W rzeczywistości bowiem sposób traktowania muzułmanów w Tracji zawsze zależał od ogólnych stosunków grecko-tureckich i od tego, jak wyglądała sytuacja Greków zamieszkałych na terenie Turcji.
Największe tragedie w czasie drugiej wojny światowej i później stały się jednakże udziałem nie muzułmanów, a Żydów. Co prawda ci, którzy zamieszkiwali wioską strefę okupacyjną, mieli się początkowo całkiem nieźle, ale po kapitulacji Wioch we wrześniu 1943 r. i przejęciu władzy przez Niemców, sytuacja drastycznie się pogorszyła. Wiosną i latem 1944 r. hitlerowcy wywieźli z Grecji i zamordowali 85% z osiemdziesięciotysięcznej społeczności żydowskiej. Bułgarskie siły okupacyjne często podstawiały greckich Żydów za ich bułgarskich pobratymców w transportach do obozów zagłady w ramach swego programu „bułgaryzacji” zajętych terenów, niezasłużenie ciesząc się opinią łaskawych.
Greccy chrześcijanie wielokrotnie pomagali prześladowanym rodakom, choć zdarzały się niestety także pojedyncze przypadki kolaboracji. W udzielaniu pomocy prześladowanym szczególnie wyróżniła się rada miejska i biskup na Zakinthos oraz biskup Chalkidy, którzy nakazali ich sąsiadom (chrześcijanom) ukryć i żywić nieszczęśników. Dzięki temu ocalało wielu skazanych na śmierć. W samych Atenach szef policji i biskup postarali się o wydanie fałszywych dokumentów i świadectw chrztu, co pozwoliło ocalić wielu Żydów. Wielu z nich w Atenach, Trikala, Larisie, a szczególnie Wolos, gdzie miejscowy rabin działał w ruchu oporu, zostało w porę powiadomionych o planach Hitlera wobec ich narodu i uciekło w góry, do partyzantów. Romanioci, których nie sposób było odróżnić z wyglądu i języka od prawosławnych Greków, byli stosunkowo bezpieczni, hitlerowcy bez trudu natomiast identyfikowali Żydów z północy, posługujących się językiem ladino, z wyraźnie odmiennymi nazwiskami i obyczajami.
Trzeba też wspomnieć, że na aresztowaniu Żydów w Salonikach bardzo skorzystała część tamtejszych przemysłowców, których nie trzeba było specjalnie zachęcać do zajęcia się opuszczonymi żydowskimi sklepami. Kolejnym aktem barbarzyństwa było postawienie (po wojnie) budynków tamtejszego uniwersytetu oraz hal targowych na terenie zniszczonego przez hitlerowców cmentarza żydowskiego.
Nieliczni, którym udało się przeżyć obozy śmierci i wrócić do Grecji, nie byli w stanie odtworzyć żydowskich gmin (poza Atenami). Często woleli też wyemigrować do Izraela. Obecnie żyje w Grecji zaledwie 6000 Żydów. W Salonikach mieszka około 1000 Sefardyjczyków, którzy, poza rodziną Molho-właścicielami słynnej księgarni – nie wyróżniają się. W lirisie stosunkowo nieliczni Żydzi (ok. 300 osób) odgrywają nieproporcjonalnie dużą rolę w przemyśle tekstylnym. Ponieważ jednak liczba młodych Żydów nie dorównuje liczbie Żydówek, wiele z nich wychodzi za mąż za chrześcijan. Wspólnoty Romanistów, liczące poniżej setki osób, istnieją nadal w Chalkis, Janinie, Trikala, na Karkirze i w Wołos. Wojenny kataklizm zmiótł z powierzchni ziemi gminy na Kos, Rodos i w Chania, a obecnie w mieście Rodos mieszka zaledwie około 40 Żydów. Wielu z nich przybyło tu po wojnie. W mieście tym znajduje się Platfa ton Evreon Martfron (Plac Męczenników Żydowskich), upamiętniający ponad 1800 Żydów z Kos i Rodos zamordowanych przez Niemców. Plac ten leży na terenie zniszczonej w większości dawnej dzielnicy żydowskiej. Trzy tysiące Żydów żyje ponadto w Atenach, gdzie mieści się też Muzeum Żydów Greckich.